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西宁市卫生局的前身是1949新中国成立时组建的西宁市人民政府卫生科。1956年改为西宁市卫生局，1966年与文化、教育、体育、科委合并，改称西宁市文卫局。1971年恢复西宁市卫生局。

西宁市卫生局是西宁市人民政府主管医疗卫生工作的政府职能部门，主要承担着全市临床医疗、疾病预防、卫生监督、妇幼保健、医学科研、医疗科学和爱国卫生管理职责。市卫生局直属医疗卫生单位8个。其中，医疗机构5个，预防保健机构2个，卫生监督执法1个。现有在职职工1490名。其中，卫生技术人员1240名，占职工总人数的83.2%。中高级技术职称602名，占卫生技术人员的48.5%。