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    负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担政务督办、安全保卫、保密、信访、政务公开、卫生信息化、国有资产管理、后勤服务等工作；负责卫生宣传和新闻发布工作；负责直属单位内部安全保卫工作。

    拟订全市卫生应急和紧急医学救援规划、制度、预案和措施；指导突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急活动；负责对突发公共卫生事件和其他突发事件实施预防控制以及紧急医学救援；组织实施对突发急性传染病防控和应急措施；负责对重大灾害、恐怖、中毒事件及核事故、辐射事故等组织实施紧急医学救援；发布突发公共卫生事件应急处置信息。

    拟订卫生人才发展规划和政策并指导实施；负责卫生专业技术人员的资格认定工作；负责机关和所属单位的机构编制、人事管理、队伍建设等工作。

    负责所属单位及归口管理单位党建、领导班子建设、党的宣传、思想政治工作和统战工作；负责机关和所属单位及归口管理单位副处级以上领导干部、后备干部管理。

    拟订全市卫生事业中长期发展规划，指导区域卫生规划工作；统筹规划与协调全市卫生资源配置，负责卫生事业费预、决算的编制和财务会计制度的实施；负责所属医疗卫生单位基本建设与装备、国有资产监管；负责大型医用设备的配置及管理；提出医疗服务价格、药品价格等政策建议并监管；负责卫生统计工作：拟订卫生贷款项目计划并组织实施。

    开展卫生综合性政策调研，组织拟订卫生综合性政策和标准；组织协调相关卫生地方性法规、规章的起草工作；承担机关有关规范性文件的合法性审查S-作；承担有关行政复议、行政应诉等法律事务工作。

    负责全市重大疾病的预防和控制，拟订重大疾病防治规划、免疫规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施，完善重大疾病防控体系，预防与控制传染病、慢性非传染性疾病、地方病及寄生虫病的发生和传染病疫情的蔓延；承担发布法定报告传染病疫情信息工作；承担市防治艾滋病工作委员会办公室的具体工作。

    拟订爱国卫生标准并组织开展爱国卫生活动和卫生创建；组织实施全市预防和控制“四害”工作；组织实施农村村组改水和卫生厕所建设；组织实施农村饮用水水质卫生监测及卫生学评价；负责农村环境卫生综合整治及卫生村镇创建工作。

    承担综合管理农村卫生工作、初级卫生保健和新型农村合作医疗工作，拟订有关政策、规划并组织实施；负责指导农村卫生服务体系建设和乡村医生相关管理；监督指导农村卫生政策的落实；承担市初级卫生保健委员会办公室和市新型农村合作医疗领导小组办公室的具体工作。

    负责妇幼卫生、社区卫生、健康教育工作，拟订有关政策、规划、规范并组织实施；对妇幼保健实施监督管理；拟订地方妇幼保健标准；牵头组织预防和减少出生缺陷与先天残疾工作；规划社区卫生服务体系建设并指导实施。

    负责医疗机构、医疗技术应用、医疗质量和服务、采供血机构管理等有关政策、规范、标准的拟订并组织指导实施；拟订医务人员执业标准和服务规范；负责医疗质量管理；指导临床重点专科建设；负责医疗急救体系建设、医院药事、医院感染控制、临床实验室管理等有关工作；参与药品、医疗器械临床试验管理；负责医疗广告的审查和医疗机构广告的监管；负责戒毒医疗机构的监管。承担医疗机构医疗服务的监管工作，组织开展医疗质量、安全、服务、财务评价检查和监督工作；承担推进公立医院管理体制改革工作；负责医疗事故、医疗纠纷处理。

    负责组织实施国家基本药物制度；拟订重庆市基本药物的采购、配送、使用的政策措施，会同有关方面提出国家基本药物目录内药品生产的鼓励扶持政策，提出国家基本药物价格政策的建议。

    拟订中医(中西医结合、民族医)机构的设置规划；负责中医医疗机构、人员、技术、中医广告的资质审批及监督管理；负责中医医疗护理质量管理，组织协调医疗事故的技术鉴定，医疗纠纷的处理；负责联系中医工作和中医机构药事监管工作；负责基层中医药服务；负责协调中医服务体系建设工作。

    负责拟订全市中医药发展规划、科技教育专项规划、综合性工作计划和政策措施；负责组织中医科技项目攻关、评审验收及成果推广；组织对传统中医药理论、医术、秘方、验方的整理、总结、提高和推广；负责中医药人才培训、学历教育、继续教育、师带徒工作；负责中医药综合性事务工作；负责联系中医药行业学(协)会和国际交流与合作。

    指导规范卫生行政执法工作；负责职业卫生、放射卫生、环境卫生和学校卫生的监督管理；负责公共场所、饮用水等的卫生监督管理；负责传染病防治监督；整顿和规范医疗服务市场，组织查处违法行为；督办重大医疗卫生违法案件。

    拟订全市医药卫生科技发展规划；组织重大医药卫生科技项目攻关项目；组织研究医学卫生技术标准；负责重点学科建设；承担医药卫生实验室生物安全的监督管理工作；组织指导卫生专业技术岗位和社区卫生人员的培训工作；参与拟订医学学历教育的规划、专业设置的建议；承担组织开展继续医学教育和毕业后医学教育工作；负责全市医疗卫生的国际合作与交流；承担与港澳台的卫生合作工作。

    承担市干部保健委员会确定的保健对象及有关单位医疗照顾对象的医疗保健工作；负责市级单位离休干部的医疗管理工作；负责全市重要会议与重大活动的医疗卫生保障工作；负责中央领导和重要外宾来渝的医疗安排；承担市干部保健委员会的日常工作。

    拟订全市卫生系统内部审计工作规定和制度；指导和监督卫生系统内部审计工作；负责组织实施所属单位领导干部任期经济责任审计；负责对重大项目进行内部审计；协调、配合市审计局等部门对卫生系统行业审计或专项审计调查，并负责督促整改；指导所属单位开展专项审计工作。

负责机关党群工作。