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内蒙古医科大学1978年开始招收研究生，1981年获得硕士学位授权资格，现有基础医学、临床医学、中医学、药学、中药学、护理学6个一级学科、47个二级学科硕士学位授权点。2003年获准成为临床医学硕士专业学位培养单位，2009年获准成为口腔医学硕士专业学位培养单位，2014年获准成为药学、护理硕士专业学位培养单位。从2005年起，先后与北京中医药大学、首都医科大学、天津中医药大学联合培养蒙医学、中西医结合、中医内科学、影像医学与核医学、外科学、细胞生物学、中药学等7个学科的博士研究生。2009年，学校被内蒙古自治区政府确定为自治区博士学位授权立项建设单位。学校率先在全国建立了能够同时培养本科生、硕士生、博士生层次齐全的民族医学高等教育体系，形成了现代医药学、中医药学、蒙医药学高等教育“三位一体”的办学特色。

研究生学院设有综合办公室、招生办公室、培养办公室、学位办公室、博士教育办公室、学生工作（团总支）办公室6个科室，共有工作人员10名。现有30个研究生培养单位，分布在全区8个盟市。现有研究生导师540名。目前在校研究生1475人，37年来共培养研究生5240人。研究生学院在学校党政的领导下，坚持以社会为本的办学宗旨和发展思路，不断提高服务意识和管理水平。

研究生学院在学校党委、行政的领导下把“稳步发展学术型研究生教育，大力发展专业学位研究生教育，积极发展在职申请硕士学位教育，重点突破博士建设立项单位”作为一切工作的指导思想，各项工作稳步推进，取得了突出的成绩。