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研究生教育是济宁医学院最高层次的学历教育。学校自1996年起开始联合天津医科大学招收研究生，现为临床医学一级学科专业硕士学位授权点和同等学力人员申请临床医学硕士专业学位授予点，并与山东大学、天津医科大学、青岛大学、山东农业大学、山东省医学科学院、曲阜师范大学等联合招收培养博士、硕士研究生。研究生教育经历了从无到有、逐渐扩大、逐步完善的发展历程。

 

学校拥有一支高水平的研究生导师队伍，现有博士研究生导师6人，硕士研究生导师100人。其中泰山学者海外特聘专家2人，享受国务院政府特殊津贴专家10人，国家级教学名师1人，山东省有突出贡献的中青年专家5人，省市级专业技术拔尖人才5人，省教学名师9人，省级教学团队5个。学校还聘请了葛均波、樊代明、贺林等两院院士在内的100余名国内外知名专家担任特聘教授或客座教授。经过多年建设，导师队伍素质不断提高，结构进一步优化，为研究生培养提供了有力保障。