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我校研究生教育始于1979年，首批招收20名硕士研究生。1981年被国务院批准为全国首批具有硕士学位、博士学位授权的单位之一，中医内科学成为全国首批博士学位授予专业，另有中医基础理论等八个专业具备硕士学位授予权。

1995年经国家人事部批准，本校设立第一个中医学博士后科研流动站。同年9月，招收了我国第一位针灸专业博士后。1997年南京中医药大学与日本国立富山医科药科大学签订了联合培养中药专业研究生协议书，开创了与国外大学联合培养研究生的模式；1998年我校成为全国首批临床医学博士、硕士学位试点单位；2002年获国家首批开展非医学专业本科毕业生攻读中医学硕博连读研究生的试点。

经过三十多年的努力，研究生教育取得了快速的发展，学科门类不断增加，教育规模不断扩大，培养质量不断提升，为国家输送了大批中医药高层次人才，成为我国中医药人才培养的重要基地。

学校现有3个国家重点学科，1个国家重点学科培育学科，33个国家中医药管理局重点学科，4个江苏省高校优势学科建设工程，8个江苏省重点学科。学校现有博士后流动站3个，博士一级学位点3个，博士二级学位点14个，自主设置二级学科博士点17个。硕士一级学位点5个，硕士二级学位点23个，自主设置二级学科硕士点19个。专业博士学位点1个，专业硕士学位点4个。学位点覆盖中医、中药、中西医结合所有二级学科，具有博士生导师自审权和主干学科专业的教授评审权。截止到2012年12月底，学校有博士生导师174人，硕士生导师487人；各类全日制研究生2470人，其中，硕士生2118人，博士生  352人。

在开展国际合作与对外交流方面，南京中医药大学先后与世界30多个国家和地区的政府、高等院校或学术团体及机构建立了友好合作关系，努力探索国内外导师联合指导的研究生培养模式。同时，招收大量外国留学研究生和港澳台地区研究生，拓宽了国际合作与对外交流的广阔渠道。

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